Królowi Kazimierzowi Wielkiemu przypisuje się wzniesienie dużego, murowanego zamku nad Wieprzem. Za jego panowania dawny gród obronny wzmocniono fosą zasilaną wodą wielkiego stawu, utworzonego w widłach rzek Wieprza i Żółkiewki. Staw był tak duży, że w wiekach XV-XVII rybacy sieciami łowili ryby. Krasnostawska solona ryba cieszyła się dobrą sławą i była ekspor¬towana w dużych ilościach. Wieki staw zaznaczano na mapach Królestwa jeszcze w XVIII w. Wzniesienie zamku spowodowało szybki rozwój osady przygrodowej. Dawało to kupcom i rzemieślnikom poczucie bezpieczeństwa. Gród pełnił funkcje administracyjne i był elementem większego systemu obronnego. Stanowił siedzibę starosty królewskiego z dworem i drużyną.
Król Władysław Jagiełło, doceniając znaczenie gospodarcze i strategiczne, podniósł Szczekarzów do rangi miasta, które stało się miastem królewskim. 1 marca 1394 r. w Krakowie nadał mu magdeburskie prawa miejskie, lokując na 100 łanach frankońskich tj. 2 420 ha. Miasto było lubiane przez króla Władysława, który w czasie swoich licznych podróży bywał tutaj częstym gościem. Pierwszym wójtem, mianowanym przez króla, był Stanisław z Korzyć, natomiast kiedy w 1433 r. wprowadzono urząd starościński, pierwszym starostą został Jan Kierdej z Pomorzan.
Krasnystaw w wiekach XIV i XV miał szerokie kontakty handlowe z całą Polską. Dzięki temu w XV w. miasto rozkwitło i odgrywało ważną rolę gospodarczą i polityczną. Władcy Polski dbali o miasto nadając mu liczne przywileje. Złotym okresem rozkwitu miasta stanowił XVI w. Urząd starosty krasnostawskiego był bardzo pożądaną posadą i wielkim zaszczytem. W lustracji królewskiej z 1565 r. wymieniono 399 domów, w tym w obrębie murów, 140 domów murowanych. Krasnystaw był jednym z najlepiej urządzonych miast w Rzeczpospolitej.
Oprócz nadania praw miejskich Władysław Jagiełło ufundował zespół augustiański składający się z budynków kościoła Świętej Trójcy i klasztoru, wzniesionych w łatach 1394-1434. Kościół i klasztor sąsiadowały z zamkiem królewskim. W łatach 1588-1589 krasnostawski zamek pełnił funkcję więzienia dla jednego z najsłynniejszych więźniów Rzeczypospolitej – pretendenta do polskiego tronu, arcyksięcia Maksymiliana Habsburga, późniejszego Wielkiego Mistrza Zakonu Krzyżackiego. Został on pojmany przez hetmana Jana Zamoyskiego w bitwie pod Byczyną. Bezpośrednią straż nad więźniem sprawował wojewoda lubelski Marek Sobieski. Był on dziadem Jana III Sobieskiego – późniejszego króla Polski.
Krasnystaw jednak upamiętnił innego wielkiego człowieka z rodu Sobieskich – Marka, starszego brata Jana III Sobieskiego. Jedna z ulic została nazwana jego imieniem. Był on starostą krasnostawskim. Swoją postawą zyskał dużą popularność wśród wojskowych. W nagrodę za odwagę i waleczność podczas bitwy pod Beresteczkiem (28-30 czerwca 1651 r.) otrzymał jako łup wojenny szablę po Tuhaj-beju. W 1652 r. po przegranej bitwie pod Batohem ten wielki człowiek trafił do niewoli razem z 5 tys. polskimi żołnierzami. Jeńcy polscy wraz z hetmanem zostali w bestialski sposób wymordowani przez kozaków (Ukraińców). Był to „sarmacki Katyń”. Zginęła tam duża część kadry oficerskiej wyższego i średniego szczebla mająca bezcenne doświadczenia z wojny trzydziestoletniej.
W XVII w. losy miasta i powiatu uległy zmianie i odwróciły się na gorsze. W wyniku najazdów: szwedzkich, kozackich, moskiewskich, siedmiogrodzkich, tatarskich oraz wojny domowej, wiatach 1652-1667 w powiecie krasnostawskim uległo zniszczeniu 80-95% wsi królewskich oraz 65-70% wsi prywatnych. Spowodowało to ruinę zabudowy, liczne wyludnienia i zniszczenie upraw.
W1672 r. na Rzeczpospolitą napadły wojska tureckie, tatarskie i kozackie w sile około 80 tys. łudzi. 5 października 1672 r. spod zamku w Krupem wyruszyły lekkie chorągwie polskiej jazdy liczące około 3 tys. łudzi pod dowództwem hetmana wielkiego Jana III Sobieskiego. Przeciwko sobie miał on dziesiątki tysięcy Tatarów oblegających Lwów. Niewykorzystywane do walki oddziały tatarskie prowadziły rabunek polskich wsi i miast docierając aż w okolice Turobina. Tysiące łudzi zabrano w jasyr. Nieliczne siły Sobieskiego staczały niemal każdego dnia większe lub mniejsze bitwy i potyczki. Polskie oddziały przebyły w ciągu 9 dni 450 km podczas wyprawy na czambuły. Walczyły łącznie z 20-25 tys. Tatarów, Janczarów i Kozaków, z czego z życiem uszło zaledwie 2-3 tys. Uwolniono wówczas z jasyru około 44 000 osób. Krasnostawska wyprawa na czambuły hetmana Jana III Sobieskiego była jedną z najbardziej imponujących operacji wojskowych w hi¬storii oręża polskiego. Pomysł jej przeprowadzenia powstał w czasie pobytu Jana III Sobieskiego w Krasnymstawie, po dokładnym rozpoznaniu działań przeciwnika. Po tej udanej wyprawie Jan III Sobieski zdobył duży szacunek i popularność w Rzeczpospolitej, w wyniku czego następnego roku w czasie wolnej elekcji został wybrany na króla Polski.
W 1688 r. jezuici założyli w mieście szkołę gramatyki, którą w 1720 r. podniesiono do rangi kolegium. Stopniową poprawę dla miasta i powiatu przyniósł XVIII w. W latach 1695-1717 z fun¬dacji Potockich powstał zespół jezuicki tj. kościół wraz z kolegium.
Po wielkim pożarze w 1811 r. spłonęło sto kilkadziesiąt domów. Rozebrano zamek oraz mury miejskie celem uzyskania materiałów na odbudowę. W czasach powstania styczniowego na ziemiach krasnostawskich odbyło się dużo bitew i potyczek powstańczych. Pamiątką po tamtych czasach jest kamień przy ulicy Rejowieckiej w Krasnymstawie z tablicą upamiętniają egzekucję Mikołaja Nieczaja, dowódcy jednego z oddziałów w czasie powstania styczniowego. 4 listopada 1918 r. oddział Polskiej Organizacji Wojskowej oraz przedstawiciele rady miasta wymogli na Austriackim garnizonie kapitulację. W efekcie tego działania Krasnystaw, jako jedno z pierwszych miast na Lubelszczyźnie, znalazł się w polskich rękach. W czasie II wojny światowej na terenie powiatu działała silna partyzantka. W nocy z 19 na 20 września 1943 r. oddziały BCh pod dowództwem Stanisława Sokołowskiego uwolniły z miejscowego więzienia około 300 więźniów.